Cuve enterrée généralement en polyéthylène dont le fonctionnement s’apparente à celui d’une station d’épuration urbaine. La cuve comprend deux compartiments reliés par un tuyau :
La cellule d’activation appelée aussi bassin d’activation ou activateur reçoit les eaux usées de l’habitation.
Les matières et les liquides sont brassés et oxygénés périodiquement au moyen d’une turbine immergée entrainée par un moteur électrique. Ce brassage favorise le développement des bactéries aérobies qui accélèrent la dégradation des matières organiques.

La cellule de clarification ou clarificateur ou les eaux en provenance de l’activateur se décantent.
C’est la dernière étape de l’épuration. Les matières résiduelles minérales se regroupent dans la partie supérieure de la cellule en attente de leur enlèvement (une à deux vidanges annuelles).  

L’eau débarrassée des matières en suspension peut être rejetée en surface ou dans un puits d’infiltration. Cependant, certaines réglementations locales peuvent imposer une dispersion dans le sol par épandage.
Le volume total d’une micro station doit être au moins égal à 2500 litres pour les habitations comprenant jusqu'à six pièces principales. 
Le traitement aérobie ne nécessite pas la mise en place d’une ventilation secondaire (comme c’est le cas avec la FTE) car il s’effectue sans dégagement gazeux (en fonctionnement normal).